Zakład Biochemii Komórki

Kierownik

prof. dr hab. Joanna Bereta
pokój: B122 (3.0.26), telefon: 12 664 63 56, e-mail: joanna.bereta@uj.edu.pl

Pracownicy

dr hab. Aneta Kasza, adiunkt
pokój: A114 (4.0.17), telefon: 12 664 65 21, e-mail: aneta.kasza@uj.edu.pl

dr Monika Bzowska, adiunkt
pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88, e-mail: monika.bzowska@uj.edu.pl

dr Krystyna Stalińska, adiunkt
pokój: B119 (3.0.23), telefon: 12 664 61 41, e-mail: krystyna.stalinska@uj.edu.pl

dr Dominik Czaplicki, asystent
pokój: B118 (3.0.22), telefon: 12 664 63 41, e-mail: dominik.czaplicki@uj.edu.pl

dr Renata Mężyk-Kopeć, asystent 
pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 38, e-mail: renata.mezyk-kopec@uj.edu.pl

dr Anna Stachurska, asystent, 
pokój: B118 (3.0.22), telefon: 12 664 63 41, e-mail: anna.stachurska@uj.edu.pl

dr Mateusz Wawro, asystent
pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00, e-mail: mateusz.wawro@uj.edu.pl

mgr Urszula Tuleja, samodzielny referent techniczny
pokój: B120 (3.0.24), telefon: 12 664 63 57, e-mail: urszula.tuleja@uj.edu.pl

mgr Edyta Żyła, samodzielny referent techniczny
pokój: C138 (3.0.14), telefon: 12 664 61 41, e-mail: edyta.zyla@doctoral.uj.edu.pl

Doktoranci

mgr Maria Czarnek, pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88
mgr Alicja Karabasz, pokój: B129 (3.0.21), telefon: 12 664 64 04
mgr Tomasz Klaus, pokój: B130 (3.0.11), telefon: 12 664 64 05
mgr Karolina Ossysek, pokój: B118 (3.0.22), telefon: 12 664 63 41
mgr Aleksandra Solecka, pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00
mgr Weronika Sowińska, pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00
mgr Barbara Wyroba, pokój: B118 (3.0.22), telefon: 12 664 63 41
mgr Edyta Żyła, pokój: B118 (3.0.22), telefon: 12 664 63 41

Tematyka badań

  • Badanie regulacji ekspresji genów istotnych dla stanu zapalnego i rozwoju nowotworów
  • Badanie wpływu cytokin, czynników wzrostu i modulatorów aktywacji komórek na ekspresję wybranych genów
  • Badanie funkcji, regulacji ekspresji i mechanizmu działania szedaz z rodziny ADAM
  • Badanie mechanizmów regulacji stabilności transkryptów
  • Modyfikacje genetyczne szczepów Salmonella Typhimurium podnoszące ich potencjał przeciwnowotworowy
  • Otrzymywanie i charakteryzowanie przeciwciał monoklonalnych rozpoznających wybrane białka – zastosowanie w diagnostyce i terapiach
  • Badanie struktury, stabilności i funkcji mysich immunoglobulin IgG3 i IgM w kontekście ich zastosowań diagnostycznych i terapeutycznych
  • Wykorzystanie nanocząstek jako nośników leków

Techniki badawcze oraz aparatura specjalistyczna

  • Metody genetyki molekularnej: PCR, RT-PCR, qRT-PCR, EMSA, analiza restrykcyjna, tworzenie konstruktów genetycznych, wyciszanie genów przez siRNA, transfekcje przejściowe i stabilne komórek eukariotycznych
  • Edycja genomu metodami CRISPR/Cas9 i TALEN
  • Ekspresja białek w układach prokariotycznych i eukariotycznych
  • Otrzymywanie przeciwciał monoklonalnych metodą hybrydoma oraz metodą ekspresji fagowej
  • Modyfikacje chemiczne białek, w tym przeciwciał
  • Techniki immunochemiczne: ELISA, Western blotting, cytometria przepływowa, barwienie immunofluorescencyjne
  • Oznaczanie aktywności enzymatycznej (m.in. proteaz, dysmutazy ponadtlenkowej, iNOS, LDH, innych oksydoreduktaz)
  • Metody mikrobiologiczne, m.in. infekcja komórek eukariotycznych przez szczepy Salmonella
  • Badanie metabolizmu komórek w hodowlach komórkowych
  • Badania in vivo dostarczania leków z wykorzystaniem nanocząstek oraz badania z zakresu terapii nowotworów w modelach mysich

Projekty badawcze

  1. Joanna Bereta: ADAM17 jako kluczowe białko w odpowiedzi komórek na mediatory stanu zapalnego. (2017-2020). OPUS 11, NCN.
  2. Aneta Kasza: Poznanie roli RNazy MCPIP2 w przebiegu stanu zapalnego dzięki zastosowaniu systemu CRISPR/dCas9-FokI. Identyfikacja substratów, białek partnerskich i czynników regulujących ekspresję białka MCPIP2. (2015-2018). NCN.
  3. Alicja Karabasz: Analiza toksyczności oraz biodystrybucji polielektrolitowych nanokapsułek. (2014-2018). Diamentowy Grant, MNiSW.

Najważniejsze publikacje

  1. SmartFlares fail to reflect their target transcripts levels. Czarnek M, Bereta J. Sci Rep. 2017 Sep 15;7(1):11682. 
  2. Intact NYN/PIN-Like Domain is Crucial for the Degradation of Inflammation-Related Transcripts by ZC3H12D. Wawro M, Kochan J, Krzanik S, Jura J, Kasza A. J Cell Biochem. 2017 Mar;118(3):487-498. 
  3. The CRISPR-Cas system - from bacterial immunity to genome engineering. Postepy Hig Med Dosw (Online). Czarnek M, Bereta J. 2016 Sep 1;70(0):901-16. Review.
  4. Agglutinating mouse IgG3 compares favourably with IgMs in typing of the blood group B antigen: Functionality and stability studies. Klaus T, Bzowska M, Kulesza M, Kabat AM, Jemioła-Rzemińska M, Czaplicki D, Makuch K, Jucha J, Karabasz A, Bereta J. Sci Rep. 2016 Aug 3;6:30938. 
  5. Pegylated polyelectrolyte nanoparticles containing paclitaxel as a promising candidate for drug carriers for passive targeting. Szczepanowicz K, Bzowska M, Kruk T, Karabasz A, Bereta J, Warszynski P. Colloids Surf B Biointerfaces. 2016 Jul 1;143:463-71.
  6. IF-combined smRNA FISH reveals interaction of MCPIP1 protein with IER3 mRNA. Kochan J, Wawro M, Kasza A. Biol Open. 2016 Jun 2. pii: bio.018010.
  7. A new expression vector facilitating production and functional analysis of scFv antibody fragments selected from Tomlinson I+J phagemid libraries. Ossysek K, Uchański T, Kulesza M, Bzowska M, Klaus T, Woś K, Madej M, Bereta J. Immunol Lett. 2015 Oct;167(2):95-102.
  8. Simultaneous detection of mRNA and protein in single cells using immunofluorescence-combined single-molecule RNA FISH. Kochan J, Wawro M, Kasza A. Biotechniques. 2015 Oct 1;59(4):209-12.
  9. ADAM17 Promotes Motility, Invasion, and Sprouting of Lymphatic Endothelial Cells.Mężyk-Kopeć R, Wyroba B, Stalińska K, Próchnicki T, Wiatrowska K, Kilarski WW, Swartz MA, Bereta J. PLoS One. 2015 Jul 15;10(7):e0132661.
  10. Transcription factor Elk-1 participates in the interleukin-1beta-dependent regulation of expression of immediate early response gene 3 (IER3).Kochan J, Wawro M, Kolka A, Maczuga P, Kasza A. Cytokine. 2014 Dec;70(2):120-5

Tematyka prac licencjackich i magisterskich

Tematyka prac licencjackich i magisterskich jest ściśle związana z tematem badań naukowych prowadzonych w Zakładzie.

Wymagania stawiane studentom

Od studentów oczekujemy mocnych podstaw wiedzy w zakresie biochemii i genetyki molekularnej oraz dobrej znajomości języka angielskiego.