Widok zawartości stron
Nawigacja okruszkowa
Widok zawartości stron
mgr Piotr Widerski
dr Klaudia Polakowska
Widok zawartości stron
Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii jest jednym z najlepszych w kraju ośrodków naukowych w obszarze nauk biologicznych. WBBiB dysponuje specjalistyczną, nowoczesną aparaturą umożliwiającą badanie różnorodnych, biochemicznych i biofizycznych aspektów funkcjonowania makrocząsteczek, komórek i tkanek, zarówno roślinnych jak i zwierzęcych.
Wśród pracowników Wydziału znajdują się specjaliści od:
Wybrane zespoły badawcze specjalizują się między innymi w:
Poniżej prezentujemy wykaz usług badawczych oraz sprzętu udostępnianego przez WBBiB na potrzeby badań zleconych.
Widok zawartości stron
01-1 Spektrometr mas HCT Ultra ETD II (Bruker)
01-2 Urządzenie do badania oddziaływań międzycząsteczkowych BIOCORE 3000 (GE Healthcare)
01-3 Wysokociśnieniowy chromatograf cieczowy P680 (Dionex/ThermoScientific)
- Izolacja i charakterystyka białek i peptydów
- Sekwencjonowanie białek i peptydów
- Prace z zakresu ekspresji białek w układach heterologicznych
- Badania porównawcze proteomów bakterii
02-1 Spektropolarymetr J-170 (Jasco)
02-2 Spektrofluorymetr Stopped-flow (Applied Photophysics)
02-3 Fluorymetr laserowy (Horiba Group)
02-4 Mikrokalorymetr VP-ITC (Microcal)
02-5 Mikrokalorymetr skanujący Nano DSC (CSC)
02-6 Chromatograf cieczowy Äkta Explorer 100 air (Amersham Pharmacia Biotech)
02-7 Chromatograf cieczowy Äkta Purifer 10 (Amersham Bioscience)
02-8 Inkubator z wytrząsaniem i chłodzeniem INNOVA 43R (New Brunschwick)
04-1 System dokumentacji żeli z detekcją ChemiDoc MP System (Bio-Rad)
System dokumentacji żeli agarozowych, poliakrylamidowych oraz wyników analiz Western Blot za pomocą metod fluorescencyjnych, chemiluminescencyjnych i kolorymetrycznych. Oprogramowanie ImageLab umożliwia jakościową i ilościową analizę zbieranych obrazów.
W oparciu o pomiary zmian powierzchniowego rezonansu plazmonowego (SPR) aparat umożliwia badanie w czasie rzeczywistym oddziaływań między cząsteczkami biologicznymi i pozwala określić ich moc, specyficzność, kinetykę oraz termodynamikę.
08-1 Spektrometr EPR Elexsys E-580 (Bruker)
10-1 Mikroskop odwrócony DMI6000 B (Leica)
Szeroka gama obiektywów suchych i immersyjnych, kontrast fazowy, różnicowy kontrast interferencyjny Nomarskiego i zintegrowany kontrast modulacyjny, umożliwiają obrazowanie żywych i utrwalonych komórek na podłożach szklanych i plastikowych. Komora inkubacyjna zapewnia utrzymanie stałej temperatury, poziomu CO2 i wilgotności. Oświetlacz metalohalogenowy z szeregiem zestawów filtrowych i monochromatyczną kamerą CCD pozwala na obrazowanie większości popularnych fluorochromów. Szybkie zewnętrzne koła filtrowe pozwalają dodatkowo na ratiometryczne pomiary zmian poziomu wapnia i reaktywnych form tlenu w komórkach oraz zmian aktywności sond opartych o zjawisko FRET. Specjalistyczne oprogramowanie umożliwia tworzenie trójwymiarowych obrazów obiektów fluorescencyjnych. Moduł TIRF umożliwia selektywną, wysokorozdzielczą i nieinwazyjną obserwację błony komórkowej będącej w kontakcie z podłożem. Czuła kamera EM-CCD umożliwia rejestrowanie słabych sygnałów pochodzących od pojedynczych cząsteczek fluorochromów.
10-2 Sorter komórkowy BD FACSAria III (BD Bioscience)
Urządzenie do wieloparametrowej analizy komórek w oparciu o sygnał fluorescencyjny oraz parametry rozpraszania światła FSC i SSC (odpowiednio, informacja o względnej wielkości i ziarnistości obiektów). Sorter umożliwia także rozdział komórek w oparciu o cechy morfometryczne oraz znaczniki fluorescencyjne (FACS). Dodatkowy moduł pozwala na sortowanie komórek na płytki wielodołkowe i szkiełka mikroskopowe.
11-1 Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies)
Aparat do rozdziału kwasów nukleinowych i białek pozwala na wiarygodny pomiar stężenia oraz ocenę jakości kwasów nukleinowych oraz białek w małej objętości (ok. 1 μl), w kilkunastu (maks. 12) próbkach jednocześnie, na specjalnie do tego przeznaczonych chipach. Uzyskane wyniki przedstawione są w postaci danych liczbowych oraz wykresów zapisanych w formacie cyfrowym. Bioanalyzer 2100 jest alternatywą dla tradycyjnej elektroforezy agarozowej oraz SDS-PAGE. W zależności od rodzaju zestawu możliwa jest: a) automatyczna analiza wielkości i ilości fragmentów DNA po PCR lub trawieniu restrykcyjnym; b) ocena jakości i ilości biblioteki DNA przed sekwencjonowaniem następnej generacji; c) wykrywanie zaledwie kilku pg DNA w 1 μl próbki; d) kontrola integralności i jakości RNA (w tym obliczenie współczynnik RIN, ang. RNA integrity number; e) analiza białek (w tym wykrywanie białka o stężeniu od 1 pg/μl).
11-2 Cytometr LSR Fortessa (Becton Dickinson)
Urządzenie wyposażone jest w 4 lasery: 405 nm, 488 nm, 561 nm oraz 640nm. System optyczny pozwala na detekcję kilkunastu kanałów fluorescencji (w tym 6 kanałów wzbudzanych laserem fioletowym, np. barwników z serii Brillant Violet BD) oraz parametrów morfologicznych FSC oraz SSC. Cytometr znajduje zastosowanie m.in. w wieloparametrowej charakteryzacji fenotypowej komórek oraz analizie wszelkich właściwości komórek opartej na detekcji fluorescencyjnej. Dodatkowo możliwa jest analiza cyklu komórkowego z wykorzystaniem programu ModFit.
11-3 Cytometr obrazowy Image Stream X (Amnis)
Urządzenie, które łączy możliwości cytometrii przepływowej oraz mikroskopii. Instrument pozwala na uzyskanie obrazów pojedynczych komórek w przepływie w jasnym i ciemnym polu, oraz w 10 kanałach fluorescencji jednocześnie. Dwie kamery CCD i systemu detekcji TDI (ang. Time Delyed Integration) umożliwiają uzyskanie czułości porównywalnej z klasycznymi cytometrami przepływowymi i stosowanie analogicznej strategii bramkowania komórek. Instrument wyposażony jest w 3 lasery: 405 nm, 488 nm, 640 nm, osobną diodę do rejestrowania parametru SSC oraz lampę LED do obrazowania w jasnym polu. Urządzenie posiada 3 obiektywy: 10x, 20x oraz 40x. Dodatkowy moduł EDF (Extendet Depth of Field) pozwala na zwiększenie głębi ostrości rejestrowanych obiektów. Image Stream X znajduje zastosowanie m.in. w badaniu odziaływań komórka-komórka, fagocytozy, apoptozy, uszkodzeń DNA, analiz FISH czy interakcji i lokalizacji białek w różnych subpopulacjach.
11-4 System IVIS Lumina (Caliper, Life Science)
System pozwala na ilościowe obrazowanie bioluminescencji i fluorescencji w badaniach in vitro i ex vivo jako również przyżyciowe obrazowanie małych zwierząt laboratoryjnych (do 5 myszy lub 2 szczurów jednocześnie). Urządzenie nadaje się w szczególności do badania biodystrybucji wyznakowanych związków, monitorowanie wzrostu i przerzutowania nowotworów czy migracji podanych komórek macierzystych. Obrazowanie jest możliwe w zakresie całego światła widzialnego oraz bliskiej podczerwieni. Zmotoryzowane koło z flirtami wzbudzenia i emisji pozwala na detekcję większości podstawowych barwników fluorescencyjnych w zakresie 500-800 nm. Adnotacja: Urządzenie znajduje się na terenie zwierzętarni pracującej wyłącznie w systemie SPF (ang. Specific Patogen Free).
11-5 Platforma multipleksowania FlexMap3D, system Luminex
Aparat do wieloczynnikowej analizy wieloparametrowej, o wysokiej przepustowości, kompatybilny z płytkami 96- i 384-dołkowymi, wykorzystujący technologię cytometrii przepływowej. Do analiz można wykorzystać komercyjnie dostępne zestawy oparte zarówno o kulki magnetyczne jak i polistyrenowe. Technologia Luminex to bezkonkurencyjne narzędzie, które umożliwia oznaczenie stężenia do 500 różnych czynników/markerów (białek lub kwasów nukleinowych) w jednej próbce o bardzo małej objętości, przy jednoczesnym zachowaniu wysokiej dokładności i powtarzalności wyników.
11-6 Laserowy system do mikrodysekcji LMD7000 (Leica)
Urządzenie działające w oparciu o mikroskop optyczny pozwalający na obserwację preparatów utrwalonych i żywych technikami jasnego pola, kontrastu DIC i fluorescencji. Wysoka energia lasera tnącego oraz regulowana częstotliwość pulsowania umożliwia cięcie i pozyskiwanie fragmentów miękkich jak i twardych o różnej grubości z preparatów przygotowanych na szkiełkach mikroskopowych, membranach czy szalkach hodowlanych. System pozwala na grawitacyjne pobieranie próbek, co zapewnia bezkontaktowe i wolne od zanieczyszczeń przenoszenie materiału. Dzięki powyższym cechom możliwe jest uzyskiwanie próbek w niezmienionym stanie, zarówno pod względem morfologicznym, jak i biochemicznym.
11-7 Aparat PeriCam PSI NR (Perimed)
Urządzenie do badania przepływu krwi w czasie rzeczywistym, wykorzystujące technologię analizy kontrastu plamek laserowych (LASCA – ang. Laser Speckle Contrast Analysis) Źródłem światła jest laser o małej mocy emitujący wiązkę o długości fali 785 nm (podczerwień). Urządzenie doskonale nadaje się do uwidaczniania obszarów z obniżoną perfuzją, np. w niedokrwionych kończynach małych zwierząt laboratoryjnych. Badanie jest całkowicie nieinwazyjne.
11-8 Aparat PeriScan PIM II Laser Doppler Perfusion Imager (Perimed)
Urządzenie do badania przepływu krwi. Jako źródło światła zastosowana jest dioda laserową małej mocy o długości fali 670 nm. Promieniowanie odbite od nieruchomych struktur zachowuje częstotliwość źródła laserowego, zaś promieniowanie odbite od będących w ruchu elementów morfotycznych krwi zmienia swoją częstotliwość zgodnie ze zjawiskiem Dopplera. Ponieważ penetracja monochromatycznego światła laserowego w głąb zdrowej tkanki wynosi jedynie 0,5-1 mm aparat umożliwia głównie pomiary skórnego przepływu krwi, ale doskonale nadaje się również do uwidaczniania obszarów z obniżoną perfuzją w kończynach małych zwierząt laboratoryjnych. Badanie jest całkowicie nieinwazyjne.
11-9 Sorter komórkowy XDP (Beckman Coulter)
Urządzenie wyposażone jest w 3 lasery 355 nm (100mW), 488 nm (200 mW) oraz 642 nm (100 mW). System optyczny pozwala na detekcję 10 barwników fluorescencyjnych jednocześnie oraz parametrów morfologicznych FSC oraz SSC. Moduł Smart Sampler umożliwia pobieranie próbek z różnego typu probówek. Pojedyncze populacje można sortować bezpośrednio do płytek wielodołkowych, szalek hodowlanych oraz na szkiełka mikroskopowe. Maksymalna szybkość sortowania: 70 000 kom./s.
11-10 Ultrasonograf wysokich częstotliwości Vevo 2100 (Visual Sonics)
Aparat pozwala na nieinwazyjne badanie struktur anatomicznych i zmian hemodynamicznych in vivo w czasie rzeczywistym i w wysokiej rozdzielczości. Urządzenie wyposażone jest w kilka modułów umożliwiających m.in. a) obrazowanie 2D różnych struktur anatomicznych (np. zmian nowotworowych i miażdżycowych), jak również wykonanie nakierowanych iniekcji lub biopsji; b) zapis ruchu struktur wzdłuż pojedynczej wiązki ultradźwiękowej (co znajduje zastosowanie w badaniach kardiologicznych, np. przy ocenie funkcji mięśnia sercowego, elastyczności dużych naczyń); c) pomiary jakościowe i ilościowe przepływu krwi; d) obrazowanie 3D umożliwiające wykonywanie projekcji tkanek, organów, guzów, naczyń krwionośnych. Dodatkowo, urządzenie wyposażone jest w moduł Vevo SoniGene służący do wspomaganego ultradźwiękami o niskiej częstotliwości i wysokiej mocy transferu genów i leków w oparciu o zjawisko sonoporacji.
13-1 Chromatograf cieczowy ProStar 210 (Varian)
System do chromatografii wysokociśnieniowej HPLC z detekcją widm absorbcji elektronowej on-line w zakresie UV-VIS-NIR.
13-2 Spektropolarymetr J815 (JASCO)
Aparat do pomiaru widm dichroizmu kołowego (CD) w zakresie UV-VIS-NIR.
13-3 Spektrometr EPR Mini Scope MS300 (Magnettech)
Pomiary z zastosowaniem takich substancji jak wolne rodniki (właściwości antyutleniające związków, dynamika molekularna błon naturalnych i modelowych), jony metali przejściowych, pierwiastki ziem rzadkich, aktynowce, elektrony przewodnictwa w metalach i półprzewodnikach, a także badania defektów w dielektrykach i węglu.
15-1 Cytometr przepływowy BD LSR (Becton Dickinson)
Cytometr wyposażony w cztery lasery, umożliwia analizę 16 różnych parametrów fluorescencji (kolorów) oraz dwóch parametrów rozproszenia światła (FSC/SCC).
15-2 Analizator Infinite M200 (Tecan)
Specjalistyczny wielodetekcyjne urządzenie umożliwiające pomiary absorbancji, fluorescencji oraz luminescencji substancji umieszczonych zarówno na płytkach wielodołkowych, jak i w kuwetach.
15-3 Sorter komórkowy autoMACS ProSeparator (MACS Miltenyi Biotech)
Automatyczny, magnetyczny sorter umożliwiający separację komórek w oparciu o obecność antygenów powierzchniowych.
16-1 Chromatograf Äkta Pure (GE Healthcare)
Kompletny zestaw do chromatografii białek i peptydów w warunkach HPLC (górny limit ciśnienia 20 MPa; możliwość pracy z typowymi rozpuszczalnikami organicznymi – acetonitryl, metanol, izopropanol itp.) oraz FPLC (ciśnienie wewnętrzne poniżej 0,5 MPa przy przepływie 1,5 ml/min; praca z roztworami zawierającymi sole – do 3 M NaCl). Kontrola przepływu w zakresie od 0,001 do 25 ml/min w trybie gradientowym. Czytnik UV z jednoczesnym pomiarem 3 długości fal z zakresu 190-700 nm; konduktometr do pomiaru przewodnictwa w zakresie od 1μS/cm do 999.9mS/cm. System umożliwia podłączenie pięciu kolumn równocześnie. W skład systemu wchodzi kolektor frakcji pozwalający na zbieranie próbek do płytek 96-dołkowych, probówek typu Eppendorf, Falcon (15ml i 50ml) oraz płytek głębokodołkowych (do 5ml/dołek). Zestaw umożliwia oczyszczanie białek w ilościach semi-preparatywnych (skala mg) z wykorzystaniem kolumn do chromatografii jonowymiennej, sączenia molekularnego, chromatografii oddziaływań hydrofobowych i innych. Adnotacja: Warunkiem korzystania ze sprzętu jest posiadanie własnych kolumn.
16-2 Chromatograf Äkta Micro (GE Healthcare)
Kompletny zestaw do chromatografii białek i peptydów w warunkach HPLC (górny limit ciśnienia pracy systemu 35 MPa; możliwość pracy z typowymi rozpuszczalnikami organicznymi – acetonitryl, metanol, izopropanol itp.). Kontrola przepływu w zakresie od 0,001 do 2 ml/min w trybie gradientowym. Rejestrator UV z jednoczesnym pomiarem 3 długości fal z zakresu 190-700 nm. Konduktometr do pomiaru przewodnictwa w zakresie od 1 μS/cm do 999,9 mS/cm. W skład systemu wchodzi kolektor frakcji pozwalający na zbieranie próbek do płytek 96-dołkowych, probówek typu Eppendorf, Falcon (15ml i 50ml) oraz płytek głębokodołkowych (do 5ml/dołek). System do zastosowań analitycznych (oczyszczanie białek w ilościach rędu µg) z wykorzystaniem mikrokolumn do chromatografii jonowymiennej, sączenia molekularnego, chromatografii oddziaływań hydrofobowych i innych. Adnotacja: Warunkiem korzystania ze sprzętu jest posiadanie własnych kolumn.
16-3 System do real-time PCR CFX96 Touch (Bio-Rad)
96-dołkowy termocykler gradientowy wyposażony w 6-kanałowy system detekcji w zakresie 450-730 nm. Umożliwia amplifikowania wielu matryc podczas jednej reakcji (multipleks PCR) z wykorzystaniem do 5 fluoroforów.
16-4 Wysokociśnieniowy dezintegrator komórek (Constant Systems)
Urządzenie umożliwia dezintegrację różnego rodzaju komórek (bakterie, okrzemki, komórki roślinne, komórki zwierzęce, grzyby) w ściśle kontrolowanej temperaturze. Właściwe dobranie parametrów pracy ułatwia późniejszą izolację DNA, białek cytoplazmatycznych, błonowych oraz ciał inkluzyjnych. Dezintegrator jest wyposażone w dwie głowice: jednostrzałową (maks. obj. próbki 4 ml, próbka może być zamrożona lub mieć postać pasty komórkowej) oraz wielostrzałową (maks. obj. próbki kilkaset ml, próbka w postaci zawiesiny komórek).
16-5 Sonikator Branson Sonifier Digital 450 (Branson Ultrasonics)
Urządzenie służące do rozbijania komórek przy użyciu ultradźwięków wykorzystywane m.in. do oczyszczania białek rekombinowanych oraz izolacji poszczególnych frakcji komórkowych. Dwie różne końcówki umożliwiają sonikację próbek o objętości od 100 μl do 500 ml. Cyfrowy panel sterowania pozwala zaprogramować takie parametry jak: maksymalna temperatura próbki oraz amplituda, czas trwania impulsów oraz przerwy pomiędzy nimi. W przypadku komórek posiadających ścianę komórkową konieczne jest przeprowadzenie wcześniej trawienia enzymatycznego.
16-6 Czytnik mikropłytek Flexstation 3 System (Molecular Devices)
Wielodetekcyjny czytnik płytek (6-,12-,24-,48-, 96- oraz 384-dołkowych) wyposażony w 8-kanałową głowicę pipetującą, co pozwala na dodawanie reagentów podczas przeprowadzania pomiaru i tym samym umożliwia rejestrację szybkiej odpowiedzi badanego układu na dodawany związek. Urządzenie pozwala mierzyć absorbancję (w zakresie 200-1000 nm), intensywności fluorescencji (w zakresie 250-850 nm), polaryzację fluorescencji, fluorescencji rozciągniętej w czasie, TR-FRET oraz luminescencję.
16-7 Płuczka Hydroflex ELISA (TECAN)
Urządzenie przystosowane do szybkiego i delikatnego płukania komórek adherentnych i słabo adherentnych, wyposażone w 8 niezależnych kanałów do zasysanie i rozprowadzania płynów oraz wbudowaną wytrząsarkę (elektroniczna regulacja czasu oraz trybu wytrząsania). Płuczka może być m.in. wykorzystywana do testów ELISA.
16-8 Wirówka Sorvall Evolution RC (Thermo Scientific)
Zaawansowaną wirówka laboratoryjną z systemem chłodzenia o maksymalnej prędkości wirowania 58 000 × g. Urządzenie wyposażone jest w szereg różnych rotorów oraz autoklawowalnych gilz, w tym rotor przepływowy wraz z odpowiednią pompą, dzięki któremu jest możliwe wirowanie nawet kilkuset litrów próbki.
